电子显微镜不能看到原子内部的结构。原子(atom)构成化学元素的基本单元和化学变化中的*小微粒，即不能用普通的化学变化再分的微粒。电子显微镜可观测到原子，但直接观察原子内部结构（原子核及电子云）却极为困难。
电子透镜用来聚焦电子，是电子显微镜镜筒中*重要的部件。一般使用的是磁透镜，有时也有使用静电透镜的。它用一个对称于镜筒轴线的空间电场或磁场使电子轨迹 
向轴线弯曲形成聚焦，其作用与光学显微镜中的光学透镜（凸透镜）使光束聚焦的作用是一样的。
电子显微镜的种类和用途：
电子显微镜按结构和用途可分为透射式电子显微镜、扫描式电子显微镜、反射式电子显微镜和发射式电子显微镜等。
透射式电子显微镜常用于观察那些用普通显微镜所不能分辨的细微物质结构；扫描式电子显微镜主要用于观察固体表面的形貌，也能与X射线衍射仪或电子能谱仪相结合，构成电子微探针，用于物质成分分析；发射式电子显微镜用于自发射电子表面的研究。
